mtbcpa 研究開発税制は、次のとおり、「一般試験研究費の額に係る税額控除制度」、「中小企業技術基盤強化税制」及び「特別試験研究費の額に係る税額控除制度」の3つの制度によって構成されています。
なお、「一般試験研究費の額に係る税額控除制度」と「中小企業技術基盤強化税制」は同時に選択することはできません（選択適用）。
なお、中小企業者（適用除外事業者を除きます。）又は農業協同組合等以外の法人が平成30年4月1日から令和6年3月31日までの間に開始する各事業年度において、下記その他注意事項の要件を満たさない場合には、「一般試験研究費の額に係る税額控除制度」及び「特別試験研究費の額に係る税額控除制度」の適用が受けられません。
一般試験研究費の額に係る税額控除制度
この制度は、青色申告法人の各事業年度において、試験研究費の額がある場合に、その試験研究費の額に一定割合を乗じて計算した金額を、その事業年度の法人税額から控除することを認めるものです。
中小企業技術基盤強化税制
この制度は、中小企業者（適用除外事業者を除きます。）又は農業協同組合等である青色申告法人の各事業年度において、試験研究費の額がある場合に、上記の「一般試験研究費の額に係る税額控除制度」に代えて適用するときは、その試験研究費の額に一定割合を乗じて計算した金額を、その事業年度の法人税額から控除することを認めるものです。
特別試験研究費の額に係る税額控除制度（オープンイノベーション型）
この制度は、青色申告法人の各事業年度において特別試験研究費の額がある場合に、上記1及び2の制度とは別枠でその特別試験研究費の額の一定割合の金額をその事業年度の法人税額から控除することを認めるものです。
なお、「特別試験研究費の額に係る税額控除制度」の対象となる特別試験研究費の額は、「一般試験研究費の額に係る税額控除制度」又は「中小企業技術基盤強化税制」の計算の基礎に含めることはできません。
その他注意事項
この制度は、中小企業者（注1）又は農業協同組合等以外の法人が、平成30年4月１日から令和6年3月31日までの間に開始する各事業年度において次の要件のいずれにも該当しない場合（その事業年度の所得金額が前事業年度の所得金額以下である場合を除きます。）には、適用できません。
(1) 継続雇用者給与等支給額（注2） ＞ 継続雇用者比較給与等支給額（注3）
(2) 国内設備投資額（注4） ＞ 当期償却費総額（注5） × 30％
(注1) 中小企業者とは、次に掲げる法人をいいます。ただし、中小企業者のうち適用除外事業者（その事業年度開始の日前３年以内に終了した各事業年度の所得金額の年平均額が15億円を超える法人等をいいます。）に該当するものは除かれます。
(1) 資本金の額又は出資金の額が１億円以下の法人のうち次に掲げる法人以外の法人
イ その発行済株式又は出資（自己の株式又は出資を除きます。以下同じです。）の総数又は総額の２分の１以上を同一の大規模法人に所有されている法人
ロ 上記イのほか、その発行済株式又は出資の総数又は総額の３分の２以上を複数の大規模法人に所有されている法人
(注) 大規模法人とは、次に掲げる法人をいい、中小企業投資育成株式会社を除きます。
(1) 資本金の額又は出資金の額が１億円を超える法人
(2) 資本又は出資を有しない法人のうち常時使用する従業員の数が1,000人を超える法人
(3) 大法人（次に掲げる法人をいいます。以下同じです。）との間にその大法人による完全支配関係がある法人
イ 資本金の額又は出資金の額が５億円以上の法人
ロ 相互会社及び外国相互会社のうち、常時使用する従業員の数が1,000人を超える法人
ハ 受託法人
(4) 100％グループ内の複数の大法人に発行済株式又は出資の全部を直接又は間接に保有されている法人（(3)に掲げる法人を除きます。）
ハ 受託法人
(2) 資本又は出資を有しない法人のうち常時使用する従業員の数が1,000人以下の法人（受託法人を除きます。）
(注2) 継続雇用者給与等支給額とは、法人の適用年度及び前事業年度の期間内の各月においてその法人の給与等の支給を受けた国内雇用者(雇用保険法の一般被保険者に限られ、高年齢者等の雇用の安定等に関する法律の継続雇用制度の対象者を除くこととされています。以下「継続雇用者」といいます。)に対する適用年度の給与等の支給額（その給与等に充てるために他の者から支払を受ける金額（雇用安定助成金額を除きます。）がある場合には、その金額を控除した金額になります。以下同じです。）をいいます。
（※）令和３年４月１日前に開始した事業年度については、上記の「給与等に充てるために他の者から支払を受ける金額」には雇用安定助成金額を含みます。
(注3) 継続雇用者比較給与等支給額とは、法人の継続雇用者に対する前事業年度の給与等の支給額をいいます。
(注4) 国内設備投資額とは、法人が適用年度において取得等をした国内にある法人の事業の用に供する法人税法施行令第13条各号に掲げる資産（時の経過によりその価値の減少しないものは除きます。）でその適用年度終了の日において有するものの取得価額の合計額をいいます。
(注5) 当期償却費総額とは、法人が有する減価償却資産につき適用年度においてその償却費として損金経理をした金額の合計額をいいます。
（※） この制度については、経済産業省ホームページに「研究開発税制Q&A」等（https://www.meti.go.jp/policy/tech_promotion/tax.html）が掲載されていますので、詳細はそちらをご参照ください。